A Educação Escolar indígena do povo Jenipapo-Kanindé, teve início no ano de 1999, com quatro professores indígenas sendo eles Eveline, Edson, Erasmo e Francisco de Assis, onde as aulas eram ministradas embaixo das mangueiras do cacique Tio Odorico. No decorrer do mesmo ano houve a primeira formação para os professores indígenas do estado do Ceará. Em 2000 a comunidade se mobilizou e resolveu assumir a educação escolar indígena Jenipapo-Kanindé, ocupando o prédio escolar construído pela prefeitura dentro da aldeia, fazendo a retirada de alguns professores não índios que eram responsáveis pela educação dos indígenas. Dessa forma, a educação passou a ser assumida por alguns professores brancos e indígenas.

Em 2001, alguns professores indígenas Jenipapo-Kanindé ingressaram no curso de magistério indígena da  Secretaria de Educação do Ceará -SEDUC, e outro grupo de professores Jenipapo se uniu aos indígenas Tapeba e Pitaguary no curso de formação em magistério indígena em nível médio, coordenado de início pela Universidade Federal do Ceará-UFC, tendo os mesmos sido concluídos em 2004. Com a formação dos professores aprovada pelo nosso povo, a educação escolar indígena começou a crescer no interior de nossa comunidade, aumentando o número de matrículas bem como o apoio da comunidade à nossa escola, onde tivemos que contratar mais professores oriundos de nossa aldeia.

No ano de 2009 foi fundada a unidade executora Jenipapo-Kanindé onde a mesma passou a assumir e executar todos seus recursos financeiros. No decorrer do mesmo ano, a comunidade foi contemplada com a construção de um novo prédio escolar, com uma estrutura física adequada à nossa realidade e às nossas especificidades. O novo prédio escolar indígena tem formato de um cocar e uma maraca.

Em 2012 a Escola Indígena ofertou o EJA Médio para a comunidade, que tem como objetivo dar oportunidade àqueles indígenas que não concluíram seus estudos e para que nossos educandos não saiam da aldeia para estudarem em escolas convencionais. Dessa forma os professores indígenas estão se aperfeiçoando cada vez mais em seus estudos. EM coletivo fizeram o projeto Misi-Pitakajá (Magistério indígena superior intercultural dos povos Pitaguary, Tapeba, Kanindé, Jenipapo-kanindé e Anacé) formação específica para os professores indígenas em nível superior pela Universidade Federal do Ceará-UFC.

Hoje, através da luta do povo jenipapo-kanindé, a escola conta com um núcleo de  doze professores, um regente de multimeios na sala de leitura, um professor no laboratório de informática, uma PCE, uma secretária escolar, uma assessora financeira, uma diretora escolar, uma coordenadora pedagógica, um porteiro, quatro vigilantes, uma merendeira e uma auxiliar de serviços gerais, totalizando em vinte e um funcionários escolares.

A Escola Indígena Jenipapo-Kanindé funciona em regime de externato com os cursos de Educação Básica, especificamente nas etapas da Educação Infantil, Ensino Fundamental I E II e a EJA de acordo com a legislação vigente, normas e instruções expedidas pelo Conselho Nacional e Estadual de Educação. Nossa escola funciona com 82 alunos matriculados no SIGE (sistema integrado da gestão escolar), distribuídos em quatro salas de aula nos turnos manhã, tarde e noite.